Slechts weken nadat Nederland op 8 december 1941 Japan de oorlog heeft verklaard, vallen Japanse troepen doelen in NederlandsIndië aan. Binnen korte tijd worden strategische plaatsen veroverd (12 januari 1942 Tarakan, 24 januari Balikpapan en Zuid-Celebes, 7 februari Ambon, medio februari Palembang).

Java ligt dan geïsoleerd en is onbereikbaar voor eventuele geallieerde steunoperaties. Op 1 maart 1942, de wanhoopspoging van Karel Doorman ten spijt (de slag in de Javazee), landen de Japanners op diverse plaatsen op Java en 8 dagen later moet het KNIL de wapens neerleggen. In het tijdsbestek van drie maanden is een einde gekomen aan de koloniale samenleving.

Na de capitulatie van het KNIL worden de manschappen in krijgsgevangenschap afgevoerd. De militairen van Indonesische afkomst worden spoedig vrijgelaten, de Europese en Indo-Europese militairen blijven tot het einde van de oorlog in krijgsgevangenschap. Zij worden geïnterneerd in hun eigen voormalige kazernes en velen van hen worden op transport gesteld om in Zuid-Oost-Azië (Birma-spoorweg), Sumatra (Pakanbaroe-spoorweg) of Japan (mijnen nabij Fukuoka) te werk te worden gesteld. Niet alleen bezwijken heel veel mensen door de ontberingen tijdens gevangenschap of tewerkstelling, ook rampen tijdens scheepstransporten eisen een hoge tol (torpedering van de "Junyo Maru"). Van de naar schatting 42.000 Europese krijgsgevangenen overleven 8.200 de oorlog niet.

Op vele plaatsen in de archipel ontstaan na de Japanse veroveringen pogingen om de strijd tegen de Japanners voort te zetten. Door diverse factoren blijken guerrilla en andere verzetsactiviteiten slechts voor korte tijd mogelijk: de verzetsmensen zijn voornamelijk van (Indo-) Europese afkomst en dus makkelijk te traceren; vanuit de Indonesische samenleving krijgt men geen steun; de Kenpeitai (militaire politie) bestrijdt het verzet effectief en meedogenloos. Alleen op het afgelegen en moeilijk toegankelijke NieuwGuinea weet een groep onder leiding van kapitein Willemsz Geeroms zich staande te houden.