Het eerste contact van Nederlanders met Indonesië wordt gelegd door Cornelis Houtman, die in 1596 met een kleine handelsvloot voor de kust van Java voor anker ging. Deze expeditie werd door Hollandse kooplieden uitgerust om, in navolging van de Portugezen en de Spanjaarden, een aandeel te verkrijgen in de riskante, maar zeer lucratieve (specerijen)handel tussen Europa en Azië. De resultaten van deze expeditie blijken zo bemoedigend dat in 1602 de Verenigde Oost-indische Compagnie (VOC) werd opgericht. De VOC zou tot haar ondergang in 1795 de banden tussen Nederland en Indonesië beheersen.

Het doel van de VOC is winst te maken door handel te drijven. Met het oog hierop verwerft de VOC diverse handelsmonopolies en sticht handelsnederzettingen op strategische plaatsen in de Indische archipel (met name op de Molukken en op Java) en in de rest van Azië. Om de handelsbelangen veilig te stellen blijkt niet te kunnen worden volstaan met een reeks door kleine garnizoenen bezette forten. Ter verdediging van haar posities verovert de VOC steeds meer grondgebied en raakt steeds dieper betrokken bij de politieke en militaire conflicten tussen Indonesische vorsten, met wie al naar het uitkwam verdragen werden gesloten of verbroken. De nadrukkelijker aanwezigheid van de VOC betekent het opzetten van een bestuursapparaat en het formeren van een leger.

Het bestuursapparaat en het leger worden bemand door Europeanen, die zich met de Indonesische bevolking mengen. Een nieuw etnisch element in de Indonesische samenleving ontstaat: de groep der Indo-Europeanen. Na de ondergang van de VOC gaan haar belangen over op de Nederlandse staat. Dit heeft geen gevolgen voor de gestage uitbreiding van de Nederlandse politieke macht. Alle uithoeken van de archipel worden in de loop der tijd `gepacificeerd', dat wil zeggen onder Nederlands gezag gebracht. Dit proces wordt gekenmerkt door vele, door het Koninklijk Nederlands Indisch Leger (KNIL) uitgevoerde, strafexpedities (de bekendste zijn de expedities naar Bali, Lombok en Atjeh). Pas in de jaren '30 van de twintigste eeuw heeft de Pax Neerlandica zich over de hele archipel uitgestrekt. Bij hun machtsuitoefening maken de Nederlanders sterk gebruik van de reeds bestaande inheemse gezagsverhoudingen. Onder de Nederlandse invloed gebrachte Indonesische machthebbers (de `regenten') fungeren als onmisbare schakel tussen het Nederlandse bestuur en de grote massa van de inheemse bevolking. De Nederlandse aanwezigheid in Indonesië is ingegeven door het verlangen profijt te behalen. Dit geldt voor de tijd van de VOC, het geldt voor de periode van het `Cultuurstelsel' (midden 19-de eeuw) en het geldt ook voor de periode 1870-1930, waarin Indië opengesteld wordt voor de grote cultures (rubber, tabak, koffie etc.).

In deze laatste periode is een nieuw element ter rechtvaardiging van de aanwezigheid in Indië in het Nederlandse denken gebracht: de `ethische politiek'. Gemeend wordt dat Nederland de zedelijke plicht heeft de achtergebleven inheemse volken te verheffen. Vanuit deze gedachte wordt in de eerste helft van de twintigste eeuw ook voor de inheemse bevolking de verbetering van onderwijs en gezondheidszorg ter hand genomen.