Twee dagen na de Japanse capitulatie (15 augustus 1945) roept ir. Soekarno de Republik Indonesia uit, het onvermijdelijke gevolg van de opkomst van het Indonesisch nationalisme en van de toezeggingen die de Japanners hadden gedaan. Het is het begin van de even gewelddadige als chaotische Bersiap-periode, die vernoemd is naar de destijds door de nationalisten gebruikte strijdkreet "siap" ("wees paraat").

Het uitroepen van de Indonesische onafhankelijkheid komt voor de meeste Nederlanders als een verrassing. Onder andere door hun isolement tijdens de Japanse bezetting hebben zij geen weet van de opkomst van het Indonesische nationalisme en de daardoor gewijzigde verhoudingen. In veel opzichten rijten de gebeurtenissen tijdens de Bersiap-periode en de Indonesische onafhankelijkheid dieper wonden dan de periode van de Japanse bezetting.

Terwijl de Nederlanders ervan uit gaan dat de vooroorlogse gezagsverhoudingen na de Japanse capitulatie hersteld zullen worden, vullen nationalistische strijdgroepen het ontstane machtsvacuum. De Nederlanders kunnen in die eerste weken/maanden na de Japanse capitulatie geen vuist maken: de Nederlandse militairen en bestuursambtenaren zijn omgekomen of verblijven nog in kampen; Nederlandse troepen krijgen van het geallieerde opperbevel geen toestemming om aan land te gaan. De Britten, onder wier supervisie Indonesië is komen te vallen, wensen niet betrokken te raken bij een onafhankelijkheidsoorlog en treden slechts zeer beperkt op; het nog intact zijnde Japanse leger wordt door het geallieerde opperbevel belast met het handhaven van rust en orde, maar voorziet tegelijkertijd op grote schaal strijdgroepen van het in oprichting zijnde Indonesische leger van wapens en munitie.

Het eerste belang van de geallieerden betreft de bevrijding, evacuatie en opvang van de vele krijgsgevangenen en burger-geïnterneerden. Brits-Indische troepen, maar ook uit krijgsgevangen KNIL-militairen gevormde eenheden staan de RAPWI (Relief to Allied Prisoners of War and Internees) hierbij ter beschikking. Dit proces verloopt overal op de archipel redelijk voorspoedig, behalve op Java. Hier is de politieke situatie het meest verward.

Het bericht dat Japan gecapituleerd heeft, verandert in eerste instantie niets aan de situatie van de op Java geïnterneerden. De voedselsituatie blijft nijpend, het Japanse leger blijft aanwezig en van RAPWI-teams krijgt men het dringende advies nog in het kamp te blijven. Als medio september 1945 geallieerde troepen op Java landen en posities in de grote steden innemen, slaat de vlam in de pan. De komst van de geallieerden wordt door de Indonesiërs gezien als een voorbode van het herstel van de koloniale verhoudingen. Een explosie van geweld tegen Nederlanders en Nederlands-gezinde Indonesiërs vindt plaats. Overal gaan groepen pemuda's systematisch over tot de aanval op Nederlanders, Indo-Europeanen en Nederlands-gezinde Indonesiërs. Belangrijke bestuursgebouwen worden bezet, interneringskampen beschoten en evacuatietransporten aangevallen. Pemuda's trekken door woonwijken, rampokken de huizen en vermoorden de Indo-Europeanen of nemen hen mee voor internering. Op vele plaatsen op Java worden duizenden Indo-Europeanen, ternauwernood bevrijd uit de Japanse kampen, onder slechte omstandigheden vastgehouden. Vooral de buiten de Japanse kampen verblijvende en van enige betrouwbare politiebescherming verstoken Indo-Europeanen worden hiervan het slachtoffer.

Medio oktober 1945 besluiten de Britten tot ingrijpen in de uit de hand lopende situatie op Java. In en rond de grote steden vinden in oktober/november ware veldslagen plaats tussen de geallieerden en de nationalisten. Soerabaja wordt vanaf Britse schepen langdurig gebombardeerd en pas na drie weken zware strijd op de nationalisten heroverd. Het gebied rondom Ambarawa kan pas na heftige gevechten ontzet worden. Ook in Bandoeng kunnen geallieerde posities slechts met grote moeite verdedigd worden. Pas aan het einde van 1945 is weer een betrekkelijk stabiele situatie ontstaan: op vele schermutselingen na is de strijd geluwd en buiten drie enclaves (Batavia/Bandoeng, Semarang en Soerabaja) is Java in handen van de nationalisten. Het meest gewelddadige deel van de Bersiapperiode is ten einde.

In de loop van 1946 kan Nederland weer een rol van betekenis in de Indonesische kwestie gaan spelen. De pogingen het Nederlandse gezag te herstellen leiden tot twee `politionele acties' (juli 1947 en december 1948). Deze acties hebben weliswaar gebiedsuitbreiding tot gevolg, maar kunnen de Indonesische onafhankelijkheid niet voorkomen. In een aantal onderhandelingsronden (het accoord van Linggadjati 1947, de Renville-overeenkomst 1948 en de Ronde Tafel Conferentie augustus 1949) raakt Nederland ervan doordrongen dat zij niet langer de toekomst van Indonesië kan bepalen. De Indonesiërs zelf nemen het heft in handen.