Op Sumatra en in de buitengewesten verdwijnt met de Nederlanders ook de meerderheid van de Indo-Europeanen in interneringskampen. Op Java blijven de Indo-Europeanen over het algemeen gevrijwaard van internering. Hun situatie is echter verre van rooskleurig.

De Japanners beschouwen hen als mede-Aziaten, die zich wel zouden inzetten voor de opbouw van de Groot Aziatische Welvaartssfeer. Als blijkt dat de Indo-Europeanen niet voor het Japanse karretje te spannen zijn, voeren de Japanners de druk op hen op. Een van de eerste maatregelen is de registratieplicht in 1942, waarbij zij afhankelijk van de mate van raciale vermenging in categorieën worden ingedeeld. Velen gingen in de bevolkingsregisters op zoek naar een Indonesische voorouder om daarmee aan internering te ontkomen.

Als het niet vrijwillig blijkt te lukken pogen de Japanners, in samenwerking met hun gunstig gezinde Indo-organisaties, de IndoEuropeanen tot loyaliteit aan de Japanse politieke en economische orde te dwingen. Deze pogingen worden massaal genegeerd of geweigerd, hetgeen tot harde repressie leidt. In 1944 weigeren circa 600 jongeren in Batavia en omstreken met de Japanners samen te gaan werken; dit komt hen op maandenlange detentie in de Glodok-gevangenis te staan. Andere weigerachtigen komen terecht in landbouwkolonies en werkkampen, waar een zeer streng regime geldt.

De positie van de Indo-Europeanen wordt met het verstrijken der jaren steeds nijpender. Gelijktijdig met de Japanse pogingen hen voor zich te winnen, worden vele Indo-Europese beambten en employés ontslagen op beschuldiging van het heulen met de geallieerden. Hun posities worden overgenomen door Indonesiërs. Daarnaast ervaart men grote vijandigheid vanuit de Indonesische samenleving. De werkloosheid en verpaupering, de Japanse repressie en de houding van de Indonesiërs maken het leven buiten de interneringskampen voor de Indo-Europeanen bijzonder moeilijk en bedreigend.

Gelijktijdig met het uit de Indonesische samenleving verwijderen van westerse invloeden, versterken de Japanners het Indonesische onafhankelijkheidsstreven. Anti-Nederlandse gevoelens worden gestimuleerd, Indonesiërs worden benoemd in voordien voor hen onbereikbare bestuursfuncties, de Indonesische jeugd wordt gedrild in militaire en para-militaire eenheden, onafhankelijkheid - uiteraard onder Japanse leiding - wordt in het vooruitzicht gesteld maar nog niet verleend.